Handikappförbundens högsta beslutande organ är kongressen. Mellan kongresserna leds Handikappförbunden av styrelsen, som också är ansvarig för att verkställa kongressens beslut. Till sitt förfogande har styrelsen ett kansli. Organisationen kan kalla till ordförandemöten, som är ett rådgivande organ.
Kongressen är Handikappförbundens högsta beslutande organ. Ombud på kongressen är medlemsorganisationernas ordförande. Förbunden har möjlighet att utse ersättare för ordföranden.
Samarbetsorgan på läns- och regionnivå där minst två tredjedelar av deras medlemsorganisationer är distrikts- eller regionföreningar i Handikappförbundens medlemsorganisationer har rätt att skicka en representant, i första hand förtroendevald, till kongressen. Denna representant har yttrande- och förslagsrätt i frågor som rör lokala, regionala eller länsfrågor samt i frågor som rör förslag från ett läns- eller regionsamarbetsorgan.
Kongressen hålls vart annat år före maj månads utgång på tid som föregående kongress beslutar. Genom detta beslut har förbunden kallats till nästa kongress. Motion ska ha inkommit till Handikappförbundens kansli för beredning senast tre månader före kongressen. Nästa kongress hålls 15-16 maj 2013.
Vid beslut om antagande av ny medlem, uteslutning och upplösning fattas beslut med 2/3-dels majoritet. Övriga beslut fattas med enkel majoritet.
Styrelsen kan kalla till ordförandemöte. Dessa är främst ett rådgivande organ och leds av styrelsens ordförande. Ombud på ordförandemöte är medlemsorganisationernas ordförande. Förbunden har möjlighet att utse ersättare för ordföranden.
Datum för ordförandemöte fastställs årsvis av Handikappförbundens styrelse. Kallelse ska skickas till medlemsorganisationerna senast sex månader före mötet.
Ordförandemöte kan förrätta fyllnadsval av sådana poster som utses av kongressen. Att dessa frågor ska behandlas ska då tydligt anges i handlingarna. Styrelsen ska under mellanåret mellan kongresserna via ordförandemöte senast i maj månad ge verksamhetsredovisning, förvaltningsberättelseföljande med resultat- och balansräkning samt revisionsberättelse
Ordförandemötet kan också bjuda in andra personer till mötena och kan ge en person närvaro- och yttranderätt för hela eller delar av ordförandemötet.
Styrelsen är Handikappförbundens verkställande och beredande organ. Den ansvarar inför kongressen för Handikappförbundens förvaltning, ekonomi och verksamhet. Styrelsen leder Handikappförbundens löpande verksamhet och får, inom de ramar som kongressen beslutat, fatta behövliga beslut och företräda samarbetsorganet.
Styrelsen består av nio ordinarie ledamöter. Den är beslutsmässig då mer än hälften av dess ledamöter är närvarande.